Danau Maninjau merupakan salah satu danau di Indonesia yang memiliki banyak fungsi yaitu fungsi sebagai pembangkit listrik tenaga air, budidaya perikanan, pariwisata alam, dan sumber air irigasi untuk pertanian. Hal ini menyebabkan terjadinya tumpang tindih kepentingan di Danau Maninjau. Dilaporkan telah terjadi penurunan kualitas air danau sebagai dampak negatif dari berbagai aktivitas tersebut, dan pada tahun 1997 terjadinya kematian ikan masal yang dipelihara dalam keramba jaring apung (KJA) sampai sejumlah 950 ton. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui keberadaan bakteri heterotrofik dan bakteri patogen pada sistem KJA di Danau Maninjau pada bulan Mei dan September 2005. Pengambilan sampel air dilakukan pada bulan Mei dan September 2005, dengan menggunakan botol steril sebanyak kurang lebih 100 mL, dan sampel sedimen menggunakan Ekman grab sebanyak kurang lebih 10 gram, sedangkan sampel ikan sakit diambil dari keramba jaring apung yang memelihara ikan (Mas dan Nila). Analisa kimia kualitas air dilakukan di Laboratorium Hidrokimia Puslit Limnologi LIPI. Isolasi bakteri menggunakan metoda spread plate dan streak plate dengan teknik pengenceran dalam media TSA (Trypton Soy Agar). Inkubasi pada suhu ruang selama 24-48 jam. Penghitungan bakteri heterotrofik menggunakan metode TPC (total plate count). Identifikasi bakteri dilakukan di Laboratorium Balivet-Bogor. Identifikasi bakteri meliputi pengamatan morfologi koloni, pewarnaan Gram, dan biokimia dengan metode IMVIC. Hasil analisa mikrobiologi ditemukan jumlah populasi bakteri heterotrofik di perairan KJA lebih besar (1,67 s/d 2,17 x 10 6 upk/mL) dibanding di perairan bebas Danau Maninjau (3,33 x 10 4 s/d 1,50 x 10 6 upk/mL). Hasil identifikasi bakteri dari air dan bagian tubuh ikan sakit yang diambil dari KJA ditemukan 5 jenis bakteri patogen (Pseudomonas flourencens, Psedomonas putida, Necromonas salmonicida, Aeromonas salmonicida, dan Vibrio anguilarum). Teridentifikasinya bakteri patogen di KJA Danau Maninjau diduga ada potensi untuk terjadinya serangan penyakit bakterial (bacterial desease) terhadap ikan yang dibudidayakan. OLDI, Vol. 34, No. 2.
